No existe en el ámbito de la libertad de conciencia una figura que pueda igualar la amplitud y el alcance del legado intelectual de Miguel Serveto ni su importancia en la evolución de este concepto tan fundamental para entender la historia de la humanidad. Dos son los grandes legados de Miguel Serveto: el derecho a la libertad de conciencia y el radicalismo como método intelectual.

Investigaciones históricas recientes revelan que de las ideas de Serveto sobre la tolerancia arranca la discusión intelectual que condujo al reconocimiento de la libertad de pensamiento responsable como derecho humano inalienable. Su ejemplo influyó en John Locke y, a través de éste, en los estadistas que redactaron la Constitución de los Estados Unidos de América y sus primeras enmiendas. Serveto fue también un pensador radical, empeñado en la búsqueda de la verdad por encima de dogmas establecidos, sin atender a las consecuencias negativas que de ello pudieran ocasionar a su persona.