Juan Calvino (Noyon 1509 - Ginebra 1564) llega a Ginebra en 1536, dos meses después de que la ciudad proclamase su adhesión a la Reforma, tras expulsar al Duque de Saboya. El líder de la reforma, Guillermo Farel, pensó en el joven Calvino para consolidar el avance de la Reforma en Ginebra. Será en Ginebra donde Calvino pondrá en práctica su dictadura religiosa tras muchos años de lucha con sus opositores.

El reformador defendía que la organización social y política debe estar subordinada a la razón humana, aunque ello no significa que el poder civil deba ser independiente del poder espiritual. Entre el poder espiritual y el orden civil existe una línea de continuidad, de forma que toda autoridad es respetable por sí misma, al estar fundada por y en Dios. La libertad Cristiana consiste en gobernar a los hombres al amparo de la sagrada palabra de los Evangelios. Por ello, la autoridad política sólo existe para cumplir la misión espiritual consistente en dirigir las sociedades humanas de conformidad con la ley de Dios.

Para Calvino, los pueblos nunca tienen derecho a rebelarse contra el poder temporal, aunque estén en manos de un tirano. Únicamente la Providencia puede afectar o modificar el ejercicio de la autoridad. La concepción calvinista del poder también difiere del pensamiento servetiano, ya que para Servet Iglesia y Estado deben estar separados.

Calvino presentó ante el Consejo de la ciudad de Ginebra una Confesión de Fe de 21 artículos que el pueblo debía aceptar bajo juramento. Meses más tarde, a mediados de enero de 1537, Calvino y Farel presentaron otro  documento en el que pedían para sí el poder de excomulgar a todo aquel que no cumpliese con las ordenanzas eclesiásticas. El Consejo no aceptó esta propuesta y la tensión entre Calvino y sus detractores se acentuó. La tensión llegó a tal punto que el Consejo de la ciudad ordenó a Farel y a Calvino que dejasen de predicar; pero ambos desobedecieron la orden y se negaron a administrar el sacramento, por lo que el Consejo decidió expulsarlos de Ginebra

Y fue así como, el 25 de abril de 1538, Calvino y Farel abandonaron la ciudad. Calvino se exilió en Estrasburgo, pero las circunstancias políticas de Ginebra hicieron que regresase a Ginebra en 1541 para liderar de nuevo la Reforma. Las tensiones con sus oponentes seguían estando presentes, y de hecho, cuando estalla el asunto Servet, Calvino estaba siendo cuestionado y atacado por aquellos ginebrinos que no aceptaban su estricto programa religioso. A pesar de todo, Calvino contaba con un enorme prestigio moral en Ginebra. Sólo después de la muerte de Servet (1553), logrará Calvino instaurar y desarrollar plenamente su programa religioso.

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